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    瓊脂糖凝膠電泳的實驗步驟及常見問題分析

    發布時間: 2024-05-07  點擊次數: 1841次

    實驗原理:

    瓊脂糖是一種天然聚合長鏈狀分子,可以形成具有剛性的濾孔,凝膠孔徑的大小決定于瓊脂糖的濃度。


    DNA分子在堿性緩沖液中帶負電荷,在外加電場作用下向正極泳動。


    DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時,有電荷效應與分子篩效應。不同DNA的分子量大小及構型不同,電泳時的泳動率就不同,從而分出不同的區帶。


    實驗步驟:

    1. 配膠 首先根據DNA片段大小確定瓊脂糖凝膠濃度,稱取相應質量的瓊脂糖粉末于TAE/TBE緩沖液中溶解,微波加熱1min左右取出(時間根據體積改變),加入Gelred染料,搖晃均勻后倒入模具。

    注:緩沖液為三乙酰-乙二胺四乙酸(EDTA)(TAE)或三硼酸-EDTA(TBE),三酸溶液是微堿性條件下的有效緩沖液,可保持DNA去質子化并溶于水。EDTA是一種螯合劑,能使可能損害被分析的DNA的核酸酶失活。

    表1 DNA片段大小與瓊脂糖凝膠濃度的關系

    瓊脂糖凝膠電泳的實驗步驟及常見問題分析

    2、凝膠澆注

    選擇所需尺寸的凝膠澆注模具和梳齒。輕柔地將加了染料的瓊脂糖凝膠溶液倒入模具中,觀察有無氣泡產生,在膠未全部凝固的時候戳破,否則會影響最終結果。注:速度不可太快,否則容易出現氣泡。

    3、將樣品與DNA loading buffer混合

    將樣品與含溴酚藍的loading buffer混合,loading buffer可以幫助我們觀察樣品的位置。

    4、凝膠裝入

    待膠變硬,直到呈乳白色且不透明(約20-30 min),小心地垂直拔出梳齒,將膠塊放入電泳槽中,確保孔位于負電極(一般為黑色),將運行緩沖液(TAE或TBE)注入槽中,使凝膠被淹沒1-2 mm。用移液器向泳道中加樣,不要超過泳道載量,否則樣品會溢出。

    5、凝膠運行

    確保電極沒有插反,否則樣品會跑到緩沖液中。設定凝膠運行的時間和電壓,調節電壓至4-5V/cm,DNA從負極移到正極,電泳時間30-60 min,具體根據凝膠比例和片段大小進行調整(一般120V,35 min即可)。電泳結束后,拔掉電源。

    常見問題分析:

    1.加樣孔有熒光

    (1)提DNA時有蛋白質殘留。

    (2)基因組DNA,如果使用普通的瓊脂糖電泳,往往不能電泳出孔,滯留在加樣孔中產生熒光。

    2.條帶扭曲呈波浪狀

    (1)配制凝膠的緩沖液和電泳緩沖液不是同時配制的。

    (2)電泳時電壓過高??梢栽陔娪厩?5分鐘用較低電壓(3 V/cm),等條帶出孔后,再調電壓。

    (3)慢慢加樣,等樣品自然沉降后再加電壓。

    3.條帶彌散

    (1)DNA發生降解。

    (2)電泳緩沖液陳舊(根據DNA Maker對照,觀察是否為電泳體系的問題)。

    (3)PCR過程產生非特異性的擴增 (使用特異性較高的引物)。

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