銷售熱線

    19126518388
    • 技術(shù)文章ARTICLE

      您當前的位置:首頁 > 技術(shù)文章 > ATAC-Seq 實驗操作指南---04 常見問題及解決方案 05 明星產(chǎn)品

      ATAC-Seq 實驗操作指南---04 常見問題及解決方案 05 明星產(chǎn)品

      發(fā)布時間: 2025-01-09  點擊次數(shù): 594次

      文庫產(chǎn)出低,該不該上機?

      樣本丟失:細胞離心后在EP管中幾乎不可見,棄去上清液時容易造成丟失。建議在細胞離心過程中,將EP管統(tǒng)一方向并標記細胞沉積位置,在沉淀對立面輕輕棄去上清,實驗操作過程中避免劇烈渦旋振蕩。

      不需要很糾結(jié)文庫產(chǎn)出,能夠達到上機標準的產(chǎn)出,且文庫峰型符合ATAC文庫峰型,便可以上機測序。增加擴增循環(huán)數(shù),反而會導(dǎo)致dup 偏高。

       

      ATAC文庫在進行質(zhì)檢時,文庫呈現(xiàn)什么樣的分布是正常的分布?

      轉(zhuǎn)座酶會容易與核小體間隔部分的DNA接觸,發(fā)生打斷反應(yīng)。構(gòu)建成功的ATAC文庫在2100峰圖上會呈現(xiàn)明顯的核小體的pattern特征峰,其中:

      第一個在180-200bp的位置,屬于核小體之間的區(qū)域(40136bp

      第二個在300-400 bp

      第三個在500bp左右

      如果有第四個會在700bp附近

      核小體全長一般在180200 bp,平均200 bp。其中,140bp是直接盤繞在組蛋白八聚體核心外面,這些DNA不易被核酸酶消化;其余為核小體間區(qū)。不同組織、細胞,同一細胞染色體的不同區(qū)段,盤繞在組蛋白八聚體核心外面的DNA長度是不同的,如:真菌的可短至154bp、海膽精子的可長達260bp

       

      培養(yǎng)細胞進行ATAC-seq時支原體污染嚴重,使用支原體清除劑后,細胞是否能夠繼續(xù)進行建庫?

      支原體是原核生物,DNA呈裸露狀態(tài),當細胞被支原體感染,進行ATAC-seq實驗時,裸露的DNA會被切割,擴增。使用支原體清除劑清除后,仍會有DNA殘留,進行ATAC-seq實驗捕獲的開放區(qū)域占比少。存在污染時,污染會被放大。

       

      Mapping 率低的原因與排查方案?

      細胞培養(yǎng)或取樣過程中,有時會出現(xiàn)樣本被外源微生物污染的情況。ATAC建庫基于Tn5轉(zhuǎn)座酶切斷開放DNA,而微生物基因組暴露程度高,相較真核宿主基因組更易發(fā)生轉(zhuǎn)座反應(yīng)。即使少量微生物污染,在所得文庫中也會占據(jù)較大比例。

      可以從以下方面進行排查:確認細胞培養(yǎng)或?qū)嶒炦^程中有無污染;確認參考基因組是否選擇正確;分析unmapping數(shù)據(jù)比對的物種類型。

       

      Dup Rate 值偏高分析

      Dup Rate一般與建庫中的PCR循環(huán)數(shù)相關(guān)。

      ①PCR擴增帶有一定的偏好性和錯配率,會影響最終形成文庫的覆蓋度和測序準確性;

      ②PCR本身對于不同GC含量的樣本的擴增效率是不同的,PCR循環(huán)越多,擴增困難和擴增容易的片段之間相差就會越大,對應(yīng)的分子多樣性就會越低,dup就會增大;

      ③PCR本身在擴增的過程中可能會產(chǎn)生一些堿基的錯配,錯誤的擴增可能會到出現(xiàn)與現(xiàn)有相同基因的結(jié)果,導(dǎo)致dup值升高。因此無需為獲得更高的文庫產(chǎn)量而設(shè)置過高的擴增循環(huán)數(shù)。

       

      轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)附近的信號分布

      轉(zhuǎn)錄活躍的基因的TSS往往處于開放狀態(tài),以保證轉(zhuǎn)錄因子可以結(jié)合。所以,NFR fragments(開放染色質(zhì)中兩個核小體之間的LinkerDNA片段)應(yīng)該富集在轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)附近(圖中黑色實線),而結(jié)合核小體的區(qū)域在TSS位置應(yīng)該缺失且在TSS兩側(cè)相對富集(圖中紅色虛線)。

      ATAC-seq 文庫是否可以兼容華大平臺測序?怎么做?

      ATAC文庫可以兼容 Illumina和 MGI測序,且已驗證所分析的下機數(shù)據(jù)結(jié)果一致。

      上機測序方案:ATAC文庫構(gòu)建后,使用轉(zhuǎn)化試劑轉(zhuǎn)化為華大文庫,隨后進行環(huán)化上機。

      測序策略:推薦使用PE150。PE150為雙端測序,SE50為單端測序,由PE150測序所獲得的有效片段信息較SE50更多,因此獲得的數(shù)據(jù)更優(yōu)。

       

      05 明星產(chǎn)品

      安培生物致力成為推動生命科學(xué)進步值得信賴的合作者

      深圳/湛江安培生物科技有限公司,是一家具有核心的技術(shù)實力、先進的經(jīng)營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業(yè)。總部設(shè)在廣東,服務(wù)面向全國。安培生物集進口試劑、實驗室耗材銷售、技術(shù)服務(wù)與合約開發(fā)為一體的專業(yè)化高科技公司,旨在為生命科學(xué)的發(fā)展提供較好的產(chǎn)品與服務(wù)。本公司建立了涵蓋分子生物學(xué)、細胞生物學(xué)、免疫學(xué)、信號傳導(dǎo)和神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的產(chǎn)品供應(yīng)線,在各個領(lǐng)域內(nèi)向用戶提供較高的水平和質(zhì)量穩(wěn)定的產(chǎn)品,安培生物致力于為廣大的科研機構(gòu)、高等院校等客戶提供各種產(chǎn)品、技術(shù)支持與服務(wù)。


      可以在第一時間為用戶提供比較先進的專業(yè)資訊和完備的產(chǎn)品和物流服務(wù)。 專業(yè)的技術(shù)力量使得我們能夠為廣大用戶提供強大的技術(shù)支持,深厚的人脈資源使得我們在全國主要城市擁有眾多的合作伙伴,安培生物非常榮幸能將世界上先進的高科技產(chǎn)品推薦給國內(nèi)從事生物學(xué)領(lǐng)域科研的老師和同仁。作為專業(yè)性的產(chǎn)品供應(yīng)商,公司出資存?zhèn)淞舜罅楷F(xiàn)貨,配合優(yōu)秀的銷售隊伍以及專業(yè)的技術(shù)支持,隨時為客戶提供服務(wù)


    產(chǎn)品中心 Products
    国内精品久久久久久久coent| 久久9精品久久久| 久久青草免费91线频观看站街| 乱亲女H秽乱长久久久| 亚洲精品乱码久久久久蜜桃| 一本久道久久综合狠狠躁AV| 久久综合精品视频| 狠狠久久综合伊人不卡| 久久国产精品免费网站| 久久综合久久久久88| 亚洲精品乱码久久久久久| 精品一二三区久久aaa片| 久久av高潮av无码av喷吹| 色婷婷综合久久久中文字幕| 久久久一本精品99久久精品66直播| 亚洲伊人久久精品影院| www.久久热.com| 欧美丰满熟妇BBB久久久| 久久久无码精品亚洲日韩京东传媒| 日韩亚洲国产综合久久久| 久久精品视频免费播放| 99久久婷婷国产综合精品| 久久精品亚洲综合一品| 中文字幕亚洲综合久久男男| 色偷偷91久久综合噜噜噜噜| 亚洲国产成人久久精品软件| 性刺激久久久久久久久| 亚洲国产另类久久久精品| 久久影视综合亚洲| 久久se精品一区精品二区国产| 国产av一区二区精品久久凹凸| 久久亚洲国产视频| 亚洲AV无码久久寂寞少妇| 亚洲色婷婷综合久久| 99久久无色码中文字幕| 久久综合亚洲色hezyo| 久久亚洲精品国产亚洲老地址| 久久国产乱子伦精品免费不卡 | 久久国产精品一区二区| 国产精品久久久久乳精品爆| 亚洲日本久久久午夜精品|