瞬時轉染是在短時間內獲得目的蛋白，而穩定轉染是獲得能長期穩定地生產目的蛋白的細胞株。

瞬時轉染時，外源基因并沒有轉染到細胞的染色體上，而是存在于游離的載體上，可以在短時間（1-3天）內獲得基因的表達產物。

但是隨著細胞的不斷分裂增殖，外源基因最終會丟失，無法繼續進行重組蛋白的生產。

穩定轉染是將外源基因轉染至細胞染色體上，目的基因不會隨著細胞傳代而消失，穩定轉染的細胞株能夠長期穩定地生產目的蛋白。

另外，穩定轉染還能夠進行基因插入、基因敲除等編輯操作。

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