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      DNA 復制需要哪些元素

      發布時間: 2023-06-28  點擊次數: 1459次
      1) 需要脫氧核苷三磷酸:
      進行 DNA 合成必須具備的 2 個關鍵底物之一,即 4 種脫氧核苷三磷酸——dGTP、dCTP、dATP、dTTP。通常商品化 PCR 酶會提供這 4 種脫氧核苷三磷酸的混合物 dNTP。 
      2) 需要引物-模板接頭:
      DNA 合成的第二個重要底物是一具有特定序列的雙鏈 DNA,稱為引物-模板接頭,即指 導互補脫氧核苷酸添加的單鏈 DNA 模板和與模板互補但比模板短的一小段序列。
      較長的 DNA 鏈有一個與引物退火的區域和一個毗鄰的單鏈 DNA 區,此區作為 DNA 合成的模板;較短的引物與較長的 DNA 鏈退火,且必須有與模板單鏈 DNA 區毗鄰的游離 的 3’-OH,當新核苷酸加入時引物的 3’-OH 端得以延伸。一般而言,引物-模板接頭的引物部分才是 DNA 合成的底物,而模板僅僅提供選擇哪種核苷酸進行添加的必要信息。
      因此我們在設置 PCR 反應程序時第一步是高溫變性(一般會設置成 95℃變性),就是為了把雙鏈的模板變性成單鏈,第二步是降低溫度,是為了讓引物能互補匹配到單鏈模板上。

      3) 需要 DNA 聚合酶:
      DNA 聚合酶的三維結構類似于一只右手。手掌域是催化活性位點,可以催化任意 4 種脫氧核苷三磷酸的添加,這一區域結合 2 個二價金屬離子(通常是 Mg2+或 Zn2+)。其中一個 金屬離子降低 3’-OH 對其氫的親和力,這會產生一個準備對引入 dNTP 上的 α-磷酸進行親核 攻擊的 3’O-。第二個金屬離子與 dNTP 的 β-和 γ-磷酸負電荷協同作用,穩定由引物和引入核苷酸連接在一起時所產生的焦磷酸。所以我們在 PCR 時,反應體系里加入適量的 Mg2+是十分重要的,添加的量少導致 PCR 酶無法發揮最大活性,添加太多則降低酶反應的特異性。
       
      DNA 聚合酶是一種延伸酶,其催化是快速的。DNA 合成的速度主要取決于 DNA 聚合酶 的延伸能力。在實際應用中,一般的Taq酶的延伸速度大致是擴增產物在2kb以內是1kb/min。 擴增產物超過2kb 的部分可以以500bp/min 來計算。比如擴增2kb,延伸時間就設置成2min, 而擴增 3kb,就可以把延伸時間設置成 4min。也有延伸能力更強的酶,那么延伸時間就按產 品說明書描述的來設置。


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