【干貨】如何尋找基因信息？用 Pubmed 來尋找基因信息

說起 Pubmed 我們大家都不陌生，當然，找文獻可都靠它呢。不過，這個美國國立醫學圖書館的搜索引擎可不止能干這個。它只是NCBI Entrez整個數據庫查詢系統中的一個。PubMed 界面提供與綜合分子生物學數據庫的鏈接，其他的內容還包括：DNA 與蛋白質序列，基因圖數據，3D 蛋白構象，人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來查找所需要的基因信息。

如何尋找基因信息 

首先，打開 NCBI 網頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，選擇[gene]，輸入您要的基因名稱（可簡寫），如 CCR9，搜索。

然后，選擇種屬，如 homosapiens，點擊進入所需基因，下拉網頁，在"NCBI Reference sequence  (Refseq)"下方

NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號，NM_001256369.1 就是異構體B的 mRNA 序列號，而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應的氨基酸序列號。同理， NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構體A的mRNA和氨基酸序列號。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號染色體短臂（p）2 帶 1 區 3 亞區。

點擊進入相應頁面就會出現詳細的外顯子、編碼序列等信息。

想要知道詳細信息的話，可以點擊 GenBank

如果你只想獲得序列（例如去設計 PCR 引物的時候），那就可以選擇 FASTA，這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件，沒有其他數字和格式的干擾。

如何選擇目前*的 mRNA 序號 

在這推薦一個網站：harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/

輸入您查找的基因，如 CCR9，"Go"提交，便會出現 CCR9 的相應界面，點進去就能顯示公 認的序列號和 DNA 序列。 

這樣參照的序列號對了，設計引物、基因突變的命名及表述才是對的，發文章時才不會錯。 （基因突變命名也是一個系統，可以到 NCBI 上下載相關文獻）。另外，這一網站 DNA 序列 中也提供了目前文獻報道的已知的突變位點和 SNP 位點。非常好用。